งานตรวจสอบภายในของส่วนงานราชการ เริ่มตั้งแต่ปี พ.ศ. 2505 โดยระเบียบการเบิกจ่ายจากคลัง พ.ศ. 2505 ได้กำหนดให้หัวหน้าส่วนราชการแต่งตั้งข้าราชการในหน่วยงานหนึ่งคนหรือ มากกว่านั้นเป็นผู้ตรวจสอบภายใน รับผิดชอบในการตรวจสอบการเบิกจ่ายเงิน รวมทั้งการก่อหนี้ผูกพันงบประมาณรายจ่ายของเจ้าของงบประมาณนั้นๆ และตรวจสอบงานด้านอื่นๆตามที่หัวหน้าส่วนราชการมอบหมายเป็นการภายใน และรายงานผลการตรวจสอบโดยตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการอย่างน้อยเดือนละครั้ง และต่อมาในปี พ.ศ. 2516 ข้อกำหนดเกี่ยวกับงานตรวจสอบภายในได้ถูกกำหนดไว้ในระเบียบการรับ-จ่ายเงิน การเก็บรักษาเงินและการนำส่งเงินของส่วนราชการ พ.ศ. 2516 แทน

        พ.ศ. 2531 - 2542 กระทรงการคลังได้พิจารณาเห็นสมควรให้มีการส่งเสริม สนับสนุน และผลักดันให้ส่วนราชการมีการตรวจสอบภายในที่เป็นระบบ เพื่อสามารถเป็นเครื่องมือของผู้บริหารในการตรวจสอบ ติดตามการปฏิบัติงานของส่วนราชการในความรับผิดชอบได้อย่างมีประสิทธิภาพ ประกอบกับข้อกำหนดในระเบียบการรับ-จ่ายเงินเกี่ยวกับงานตรวจสอบภายใน การเก็บรักษาเงิน และการนำส่งเงินของส่วนราชการ พ.ศ. 2516 และที่แก้ไขเพิ่มเติมจนถึงปี พ.ศ. 2532 ยังไม่ได้ครอบคลุมถึงขอบเขตหน้าที่ ความรับผิดชอบที่แท้จริงของการตรวจสอบภายใน จึงได้กำหนดเป็นระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ พ.ศ. 2542 

        ดังนั้น เพื่อรองรับการปรับเปลี่ยนโครงสร้างการบริหารงานใหม่ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 ดังนั้นมหาวิทยาลัยราชภัฏนครปฐมจึงได้จัดตั้ง "หน่วยตรวจสอบภายใน" ขึ้น ปัจจุบันได้เปลี่ยนเป็น "งานตรวจสอบภายใน" และปฏิบัติงานโดยใช้ระเบียบหลักเกณฑ์กระทรวงการคลังว่าด้วยมาตรฐานและหลักเกณฑ์ปฏิบัติการตรวจสอบภายในสำหรับหน่วงานของรัฐ  พ.ศ. 2561 และที่แก้ไขเพิ่มเติม